Livø har været beboet lige siden stenalderen. De tidlige beboere har været en del af Ertebøllefolket, der levede her for ca. 6000 år siden. Ertebølle, som kulturen har fået navn efter, ligger kun ca. 10 kilometer fra Livø. Fra denne periode er der fundet rester af en boplads, og fra den efterfølgende bondestenalder er der blandt andet fundet flinteredskaber, rav og en lerklinet hytte.

Fra de tidligste skriftlige kilder om Livø ved, vi at øen i 1157-1536 tilhørte Vitskøl Kloster som en foræring fra Valdemar den Store. Klostret karakteristiske hvide bygningsmasse ses normalt tydeligt fra Livø, når man kigger mod øst.

I 1600-1700-tallet var der to gårde på Livø, der blev drevet af fæstebønder.

I begyndelsen af 1700-tallet skænkede Frederik IV og dronning Louise et lille kapel til øens beboere. Det var kun 3 meter bredt men angiveligt overdådigt udsmykket. Det er desværre siden gået tabt.

I 1911 overtog “De Kellerske Anstalter” øen. Den blev et sted, hvor udviklingshæmmede og ofte kriminelle mænd blev holdt fanget. Som regel kunne de dog bevæge sig frit rundt på øen, hvor de deltog i arbejdet med at passe landbrug, skovbrug, gartneri, mejeri og forskellige værksteder. På trods af de forholdsvis frie forhold sammenlignet med anden institutionsanbringelse forsøgte flere af de anbragte at flygte, hvilket oftest havde en uheldig udgang.

I institutionstiden havde Livø op til 200 beboere, hvoraf halvdelen var “alumner”, og den anden halvdel bestod af ansatte og deres familier. De hvide huse med de røde tage, som man i dag kan se på øen, stammer fra “Keller-tiden”.

I denne periode fungerede øen stort set som en selvforsynende enhed. Ud over at der blev produceret de fødevarer, der skulle bruges, kan det også nævnes, at der allerede i 1920 var elektricitet på øen fra en vindmølle, hvis fundament stadig kan ses nord for Markvejen tæt på byen.

En lille udstilling om Keller-perioden kan ses i udstillingsbygning på plænen overfor Avlsgården.

Livø ejes i dag af Miljøministeriet og drives af Naturstyrelsen